R導入雑記(1)

R導入中

とはいえ、自身の環境 (MAC)でも、特段特別な処理とかは不要で、ポチポチ押しているだけで問題なくすすめることができています。

問題ないとはいいつつ、一点しっかり躓いた&記事が少なかったので、備忘します

gccもろもろの問題

Rでは切り離せないstanの処理のために、裏ではC++が動いていてgccもろもろの問題にfaceしました
間違って、そのときのログ消したので断片的ですが、、、

ことの発端はこのinstall. brms でBayesian Regression Model using Stanですね。エラーでたので、読んでmvtnorm無いらしいとのことなので、mvtnorm入れようともエラー出た

ということで読み洗うと

  • rのパッケージでmvtnormないよ
  • cコンパイル時にlgfortranないよ
  • gcc option指定の場所ないよ

mvtnormは多変量(mv)正規分布(norm)を扱うパッケージでまぁ無いと困るのも納得。おそらくgccでしょうということで、lgfortranの場所が違う説に到達。

それまでの道のりは長くて、いろいろinstall関連でisssueが上がっているらしく、騙されたと思って

  • ソースコンパイルしたり
  • RDataとか消したり
  • dependency問題があるので、満たしておくとか

しましたが、無意味に終わりました….まぁgccラリってるなら、ソースコンパイルくらい無意味だと思えよww次回はちゃんとエラーメッセージに忠実にうごこうな。

で、探していると、似た記事を発見
http://funizou.hatenablog.com/entry/2015/08/02/115415

ということで、大事な部分を抜粋します。感謝です。

ということで、無事その後は通過できたので、作業継続です。

現在進めているお供

僕みたいなRわからない勢を対象にしているので親切でいい本だと思います。